سالها پس از وقایع سهگانه اصلی، توماس اندرسون که اکنون یک طراح بازیهای ویدیویی موفق است و بازیهای ماتریکس را خلق کرده، دوباره زندگی عادی و روزمرهای را تجربه میکند. او مرتباً با تصاویری از گذشتهاش، که فکر میکند فقط خواب یا توهم هستند، دست و پنجه نرم میکند و برای کنترل آنها دارو مصرف میکند. اما زمانی که نیروهای قدیمی و جدید، او را مجبور میکنند تا دوباره به دنیای ماتریکس بازگردد، اندرسون باید با هویت نئو روبرو شود و دوباره با واقعیت دنیای اطرافش مواجه شود. او باید تصمیم بگیرد که آیا میخواهد دوباره مسیر قهرمانی را در پیش بگیرد یا در زندگی عادی خود باقی بماند